La collection Sources de l’histoire de l’Université de Paris regroupe des documents consacrés à l’évolution des bâtiments de l’Université et des collèges qui lui étaient rattachés, aux enseignements qui y étaient dispensés : éditions scolaires annotées du XVIe siècle, cours manuscrits des XVIIe et XVIIIe siècles, théâtre et danse dans les collèges parisiens ou encore à la vie de l’institution dont témoigne, pour les périodes médiévale et moderne, le riche fonds des Archives de l’Université de Paris, conservé par la bibliothèque ; elle propose également une galerie de portraits de professeurs et étudiants.
La collection Histoire de la BIS, créée à l’occasion du 250e anniversaire de la BIS, réunit des documents relatifs à l’histoire de la bibliothèque.
Une collection dédiée aux papiers d’universitaires et d’érudits valorise une partie des documents des fonds L. Chestov, M.-L. Arconati-Visconti, Caylus, J.-F. Boissonnade, J.-V. Le Clerc, J.-G. Petit de Montempuys, V. Cousin.
La collection des Manuscrits médiévaux donne, quant à elle, un aperçu du fonds hérité des bibliothèques médiévales de plusieurs collèges parisiens.
NuBIS est également riche de documents conservés à la Bibliothèque de géographie : cartes anciennes et archives de l’école française de géographie (Emmanuel de Martonne, Paul Vidal de la Blache).
S’y trouve également une collection de manuscrits philosophiques clandestins, du XVIIIe siècle, créée en soutien au projet Philosophie cl@ndestine ou encore une collection de cartes postales de la première Guerre mondiale.
Une collection Matrimoine, visant à mettre en valeur l’héritage culturel des femmes dans les collections de la BIS, regroupe depuis 2024 les documents écrits ou conçus par des femmes, ainsi que les documents qui les représentent.
Le corpus Varia est alimenté au gré des numérisations à la demande : par nature hétérogène, il constitue néanmoins un gisement potentiel de nouvelles collections en devenir (les archives de la société philomatique par exemple).
Enfin, la BIS accueille depuis 2023 une collection invitée, la correspondance de Frédéric Le Play, dont les documents ne sont pas conservés dans les collections.